MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 chromosome

Total Repeats: 55074

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014652	ATG	2	6	121	126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126263
2	NC_014652	AGG	2	6	151	156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312126263
3	NC_014652	A	6	6	162	167	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
4	NC_014652	AT	3	6	190	195	50 %	50 %	0 %	0 %	312126263
5	NC_014652	TGA	2	6	236	241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126263
6	NC_014652	CT	3	6	305	310	0 %	50 %	0 %	50 %	312126263
7	NC_014652	TTC	2	6	367	372	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126263
8	NC_014652	AGA	2	6	374	379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
9	NC_014652	CAAG	2	8	410	417	50 %	0 %	25 %	25 %	312126263
10	NC_014652	TGT	2	6	473	478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126263
11	NC_014652	AAC	3	9	483	491	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
12	NC_014652	ACC	2	6	530	535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126263
13	NC_014652	GA	4	8	538	545	50 %	0 %	50 %	0 %	312126263
14	NC_014652	TTTA	2	8	561	568	25 %	75 %	0 %	0 %	312126263
15	NC_014652	CAT	2	6	615	620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126263
16	NC_014652	ATGT	2	8	651	658	25 %	50 %	25 %	0 %	312126263
17	NC_014652	AGAC	2	8	709	716	50 %	0 %	25 %	25 %	312126263
18	NC_014652	GAC	2	6	759	764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126263
19	NC_014652	GGAAA	2	10	780	789	60 %	0 %	40 %	0 %	312126263
20	NC_014652	AAG	2	6	796	801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
21	NC_014652	CA	3	6	810	815	50 %	0 %	0 %	50 %	312126263
22	NC_014652	AAG	2	6	840	845	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
23	NC_014652	ATA	2	6	846	851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126263
24	NC_014652	TCA	2	6	855	860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126263
25	NC_014652	CCA	2	6	867	872	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126263
26	NC_014652	AGA	2	6	890	895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
27	NC_014652	GCTCC	2	10	899	908	0 %	20 %	20 %	60 %	312126263
28	NC_014652	GCC	2	6	941	946	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	312126263
29	NC_014652	A	6	6	978	983	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
30	NC_014652	AG	3	6	1056	1061	50 %	0 %	50 %	0 %	312126263
31	NC_014652	CAA	2	6	1076	1081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
32	NC_014652	ACACAA	2	12	1165	1176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
33	NC_014652	A	7	7	1175	1181	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
34	NC_014652	AAG	2	6	1256	1261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126263
35	NC_014652	AGGCG	2	10	1340	1349	20 %	0 %	60 %	20 %	312126263
36	NC_014652	ACA	2	6	1368	1373	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
37	NC_014652	A	6	6	1390	1395	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
38	NC_014652	A	7	7	1449	1455	100 %	0 %	0 %	0 %	312126263
39	NC_014652	AAT	2	6	1471	1476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126263
40	NC_014652	TGT	2	6	1701	1706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126264
41	NC_014652	AAG	2	6	1712	1717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126264
42	NC_014652	ATA	2	6	1727	1732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126264
43	NC_014652	CTG	2	6	1748	1753	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126264
44	NC_014652	CAA	2	6	1760	1765	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126264
45	NC_014652	GT	3	6	1785	1790	0 %	50 %	50 %	0 %	312126264
46	NC_014652	A	6	6	1924	1929	100 %	0 %	0 %	0 %	312126264
47	NC_014652	AAG	2	6	1980	1985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126264
48	NC_014652	AGA	2	6	1988	1993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126264
49	NC_014652	TTG	2	6	2072	2077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126264
50	NC_014652	TTG	2	6	2087	2092	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126264
51	NC_014652	AGA	3	9	2169	2177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126264
52	NC_014652	TTG	2	6	2192	2197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126264
53	NC_014652	T	6	6	2341	2346	0 %	100 %	0 %	0 %	312126264
54	NC_014652	CAA	2	6	2375	2380	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126264
55	NC_014652	ATTTCA	2	12	2455	2466	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126264
56	NC_014652	A	6	6	2519	2524	100 %	0 %	0 %	0 %	312126264
57	NC_014652	GAT	2	6	2559	2564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126264
58	NC_014652	TGGA	2	8	2687	2694	25 %	25 %	50 %	0 %	312126264
59	NC_014652	GA	3	6	2693	2698	50 %	0 %	50 %	0 %	312126264
60	NC_014652	GAC	2	6	2749	2754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126264
61	NC_014652	TTC	2	6	2774	2779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126264
62	NC_014652	A	6	6	2833	2838	100 %	0 %	0 %	0 %	312126265
63	NC_014652	ACAA	2	8	2865	2872	75 %	0 %	0 %	25 %	312126265
64	NC_014652	T	6	6	2876	2881	0 %	100 %	0 %	0 %	312126265
65	NC_014652	TAA	2	6	2914	2919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126265
66	NC_014652	CTTCT	2	10	2934	2943	0 %	60 %	0 %	40 %	312126265
67	NC_014652	AAT	2	6	3103	3108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126265
68	NC_014652	AAG	2	6	3119	3124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126265
69	NC_014652	T	8	8	3165	3172	0 %	100 %	0 %	0 %	312126265
70	NC_014652	ACA	2	6	3182	3187	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126265
71	NC_014652	ATA	2	6	3338	3343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126265
72	NC_014652	AGG	2	6	3399	3404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312126265
73	NC_014652	TAGA	2	8	3408	3415	50 %	25 %	25 %	0 %	312126265
74	NC_014652	AGA	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126265
75	NC_014652	CTTG	2	8	3466	3473	0 %	50 %	25 %	25 %	312126265
76	NC_014652	ACA	2	6	3569	3574	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126265
77	NC_014652	GATT	2	8	3625	3632	25 %	50 %	25 %	0 %	312126265
78	NC_014652	CTT	2	6	3689	3694	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126265
79	NC_014652	AGA	2	6	3752	3757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126265
80	NC_014652	AGA	2	6	3805	3810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126265
81	NC_014652	TA	3	6	3880	3885	50 %	50 %	0 %	0 %	312126265
82	NC_014652	A	6	6	3885	3890	100 %	0 %	0 %	0 %	312126265
83	NC_014652	CTT	2	6	3958	3963	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126266
84	NC_014652	TTG	2	6	4043	4048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126266
85	NC_014652	ATG	2	6	4055	4060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126266
86	NC_014652	A	6	6	4065	4070	100 %	0 %	0 %	0 %	312126266
87	NC_014652	TAA	2	6	4076	4081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126266
88	NC_014652	GAA	2	6	4097	4102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126266
89	NC_014652	AAT	2	6	4110	4115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126266
90	NC_014652	GATT	2	8	4192	4199	25 %	50 %	25 %	0 %	312126266
91	NC_014652	GGATA	2	10	4236	4245	40 %	20 %	40 %	0 %	312126267
92	NC_014652	TA	3	6	4327	4332	50 %	50 %	0 %	0 %	312126267
93	NC_014652	CAC	2	6	4357	4362	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	312126267
94	NC_014652	GTG	2	6	4429	4434	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126267
95	NC_014652	A	6	6	4508	4513	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
96	NC_014652	TTC	2	6	4538	4543	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
97	NC_014652	GA	3	6	4564	4569	50 %	0 %	50 %	0 %	312126267
98	NC_014652	TGG	2	6	4584	4589	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126267
99	NC_014652	TGT	2	6	4611	4616	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126267
100	NC_014652	AACC	2	8	4694	4701	50 %	0 %	0 %	50 %	312126267
101	NC_014652	TAC	2	6	4722	4727	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126267
102	NC_014652	GACAG	2	10	4729	4738	40 %	0 %	40 %	20 %	312126267
103	NC_014652	CGA	2	6	4761	4766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126267
104	NC_014652	TGA	2	6	4863	4868	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126267
105	NC_014652	TGG	2	6	4908	4913	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126267
106	NC_014652	TGCAG	2	10	5013	5022	20 %	20 %	40 %	20 %	312126267
107	NC_014652	ACA	2	6	5063	5068	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126267
108	NC_014652	CTG	2	6	5111	5116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126267
109	NC_014652	A	7	7	5142	5148	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
110	NC_014652	CTT	2	6	5176	5181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
111	NC_014652	TGTC	2	8	5216	5223	0 %	50 %	25 %	25 %	312126267
112	NC_014652	GC	3	6	5281	5286	0 %	0 %	50 %	50 %	312126267
113	NC_014652	AGC	2	6	5319	5324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126267
114	NC_014652	T	6	6	5325	5330	0 %	100 %	0 %	0 %	312126267
115	NC_014652	AGA	2	6	5331	5336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126267
116	NC_014652	A	6	6	5352	5357	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
117	NC_014652	GGC	2	6	5379	5384	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	312126267
118	NC_014652	GC	3	6	5389	5394	0 %	0 %	50 %	50 %	312126267
119	NC_014652	A	6	6	5403	5408	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
120	NC_014652	AG	3	6	5413	5418	50 %	0 %	50 %	0 %	312126267
121	NC_014652	CTT	2	6	5650	5655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
122	NC_014652	TTGGAA	2	12	5678	5689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126267
123	NC_014652	A	7	7	5703	5709	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
124	NC_014652	CTT	3	9	5773	5781	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
125	NC_014652	CTTT	2	8	5783	5790	0 %	75 %	0 %	25 %	312126267
126	NC_014652	AAG	2	6	6006	6011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126267
127	NC_014652	CTT	2	6	6016	6021	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126267
128	NC_014652	AAG	2	6	6093	6098	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126267
129	NC_014652	AG	3	6	6097	6102	50 %	0 %	50 %	0 %	312126267
130	NC_014652	AGA	2	6	6110	6115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126267
131	NC_014652	AT	3	6	6140	6145	50 %	50 %	0 %	0 %	312126267
132	NC_014652	A	6	6	6146	6151	100 %	0 %	0 %	0 %	312126267
133	NC_014652	A	7	7	6177	6183	100 %	0 %	0 %	0 %	312126268
134	NC_014652	GAA	2	6	6189	6194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126268
135	NC_014652	AG	3	6	6220	6225	50 %	0 %	50 %	0 %	312126268
136	NC_014652	A	7	7	6249	6255	100 %	0 %	0 %	0 %	312126268
137	NC_014652	A	8	8	6264	6271	100 %	0 %	0 %	0 %	312126268
138	NC_014652	AGA	2	6	6275	6280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126268
139	NC_014652	AAT	2	6	6281	6286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126268
140	NC_014652	GAA	2	6	6300	6305	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126268
141	NC_014652	CAAGC	2	10	6962	6971	40 %	0 %	20 %	40 %	312126269
142	NC_014652	AGC	2	6	6983	6988	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126269
143	NC_014652	GTC	2	6	7027	7032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126269
144	NC_014652	ACA	2	6	7050	7055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126269
145	NC_014652	GAT	2	6	7133	7138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126269
146	NC_014652	ATTA	2	8	7141	7148	50 %	50 %	0 %	0 %	312126269
147	NC_014652	TGG	2	6	7210	7215	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126269
148	NC_014652	A	6	6	7229	7234	100 %	0 %	0 %	0 %	312126269
149	NC_014652	AAG	2	6	7334	7339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126269
150	NC_014652	CGA	2	6	7422	7427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126269
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152	NC_014652	ACAG	2	8	7463	7470	50 %	0 %	25 %	25 %	312126269
153	NC_014652	AGC	2	6	7493	7498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126269
154	NC_014652	A	6	6	7531	7536	100 %	0 %	0 %	0 %	312126269
155	NC_014652	GTA	2	6	7541	7546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126269
156	NC_014652	A	6	6	7730	7735	100 %	0 %	0 %	0 %	312126269
157	NC_014652	ACAGG	2	10	7822	7831	40 %	0 %	40 %	20 %	312126269
158	NC_014652	AGA	2	6	7835	7840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126269
159	NC_014652	GA	3	6	8062	8067	50 %	0 %	50 %	0 %	312126269
160	NC_014652	CTT	2	6	8093	8098	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126269
161	NC_014652	TGA	2	6	8107	8112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126269
162	NC_014652	A	6	6	8203	8208	100 %	0 %	0 %	0 %	312126269
163	NC_014652	AG	3	6	8236	8241	50 %	0 %	50 %	0 %	312126269
164	NC_014652	GGT	2	6	8320	8325	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	312126269
165	NC_014652	TGTC	2	8	8361	8368	0 %	50 %	25 %	25 %	312126269
166	NC_014652	GGA	2	6	8573	8578	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	312126270
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168	NC_014652	GA	3	6	8681	8686	50 %	0 %	50 %	0 %	312126270
169	NC_014652	AGA	2	6	8706	8711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126270
170	NC_014652	TGC	2	6	8816	8821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126270
171	NC_014652	TTG	2	6	8875	8880	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126270
172	NC_014652	CTG	2	6	8920	8925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126270
173	NC_014652	CAA	2	6	9106	9111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126270
174	NC_014652	AAT	2	6	9200	9205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126270
175	NC_014652	CAA	2	6	9307	9312	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126270
176	NC_014652	GTT	2	6	9345	9350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126270
177	NC_014652	AAGGC	2	10	9375	9384	40 %	0 %	40 %	20 %	312126270
178	NC_014652	AAG	2	6	9460	9465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126270
179	NC_014652	A	7	7	9488	9494	100 %	0 %	0 %	0 %	312126270
180	NC_014652	GATGCA	2	12	9495	9506	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312126270
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182	NC_014652	TTG	2	6	9577	9582	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126270
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235	NC_014652	AT	3	6	12133	12138	50 %	50 %	0 %	0 %	312126271
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250	NC_014652	AT	3	6	12593	12598	50 %	50 %	0 %	0 %	312126271
251	NC_014652	T	6	6	12656	12661	0 %	100 %	0 %	0 %	312126271
252	NC_014652	ATG	2	6	12744	12749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126271
253	NC_014652	ATA	2	6	12758	12763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126271
254	NC_014652	A	6	6	12850	12855	100 %	0 %	0 %	0 %	312126271
255	NC_014652	TAA	2	6	12876	12881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126271
256	NC_014652	CTT	2	6	12908	12913	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126271
257	NC_014652	AAT	2	6	12914	12919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126271
258	NC_014652	TTTG	2	8	12931	12938	0 %	75 %	25 %	0 %	312126271
259	NC_014652	A	6	6	12983	12988	100 %	0 %	0 %	0 %	312126271
260	NC_014652	GTTTT	2	10	13038	13047	0 %	80 %	20 %	0 %	312126271
261	NC_014652	AGA	2	6	13089	13094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126271
262	NC_014652	CT	3	6	13159	13164	0 %	50 %	0 %	50 %	312126271
263	NC_014652	GAAA	2	8	13361	13368	75 %	0 %	25 %	0 %	312126272
264	NC_014652	CTT	2	6	13370	13375	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126272
265	NC_014652	AAG	2	6	13391	13396	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126272
266	NC_014652	CAAT	2	8	13425	13432	50 %	25 %	0 %	25 %	312126272
267	NC_014652	CAA	2	6	13636	13641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126272
268	NC_014652	CTT	2	6	13747	13752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126272
269	NC_014652	CTT	3	9	13804	13812	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126272
270	NC_014652	GCG	2	6	13909	13914	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	312126272
271	NC_014652	CTA	2	6	13921	13926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126272
272	NC_014652	TCT	2	6	14040	14045	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312126272
273	NC_014652	CTA	2	6	14050	14055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126272
274	NC_014652	TAT	2	6	14144	14149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126272
275	NC_014652	GTC	2	6	14173	14178	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	312126272
276	NC_014652	T	6	6	14223	14228	0 %	100 %	0 %	0 %	312126272
277	NC_014652	AGC	2	6	14238	14243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126272
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282	NC_014652	GAA	2	6	14771	14776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126273
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303	NC_014652	TGATT	2	10	15734	15743	20 %	60 %	20 %	0 %	312126274
304	NC_014652	ATTTA	2	10	15791	15800	40 %	60 %	0 %	0 %	312126274
305	NC_014652	AAAAT	2	10	15844	15853	80 %	20 %	0 %	0 %	312126274
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383	NC_014652	A	6	6	19697	19702	100 %	0 %	0 %	0 %	312126278
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392	NC_014652	TTGT	2	8	20388	20395	0 %	75 %	25 %	0 %	312126279
393	NC_014652	ATCA	2	8	20402	20409	50 %	25 %	0 %	25 %	312126279
394	NC_014652	AGA	2	6	20462	20467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312126279
395	NC_014652	CAA	2	6	20515	20520	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126279
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397	NC_014652	TTA	2	6	20551	20556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126279
398	NC_014652	CAG	2	6	20605	20610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126279
399	NC_014652	A	6	6	20621	20626	100 %	0 %	0 %	0 %	312126279
400	NC_014652	AT	3	6	20679	20684	50 %	50 %	0 %	0 %	312126279
401	NC_014652	CAG	2	6	20707	20712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126279
402	NC_014652	ATC	2	6	20840	20845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126279
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431	NC_014652	A	6	6	23141	23146	100 %	0 %	0 %	0 %	312126280
432	NC_014652	A	6	6	23163	23168	100 %	0 %	0 %	0 %	312126280
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